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mNGS在检测耶氏肺孢子菌感染中的应用

2024-01-17 16:54:01 来源：搜狐

简介:案例解读|mNGS在检测耶氏肺孢感染中的应用导读耶氏肺孢子菌可以通过空气传播并在肺内繁殖，对于免疫功能低下的宿主，尤其一些HIV感染者、造...

案例解读|mNGS在检测耶氏肺孢感染中的应用

导读

耶氏肺孢子菌可以通过空气传播并在肺内繁殖，对于免疫功能低下的宿主，尤其一些HIV感染者、造血干细胞和实体器官移植受者，极易受到耶氏肺孢子菌的感染。临床上的传统诊断主要为镜检染色，对于一些体内肺孢子菌的负荷量较少的肺孢子菌肺炎（PCP）患者，临床阳性诊断率很低。

随着宏基因组二代测序技术（mNGS）的兴起，明显提高了临床对于肺孢子菌肺炎的诊断水平，苏州大学附属儿童医院的一个急性淋巴细胞白血病患者，通过使用迪飞医学的mNGS产品迪感康™检测，诊断出肺部感染的菌群-耶氏肺孢子菌，通过治疗达到好转出院。

病史简介

女性，14岁7个月，2019-07-30入院，发热、咳嗽三天伴呼吸困难。

现病史： 2019-7-28血常规检查发现白细胞、血红蛋白和中性粒细胞显著上升，胸部CT显示两肺感染，骨髓涂片有核细胞增生低下，予抗感染治疗及支持治疗，患者胸闷较前加重，脉氧85%左右，送至苏大附属儿童医院进一步治疗。

既往史： 2019-04-30，患急性淋巴细胞白血病，进行Hyper-CVAD方案化疗，后因“肺部感染延迟化疗”。

入院查体

1. 体格检查：T38.0℃，颈部淋巴结稍肿大，咽红，呼吸急促，可及吸气性三凹征，双肺呼吸音粗，可及散在湿罗音；

2. 实验室检查：炎症标记物：CRP：253.79mg/L；外周血检测：多次双侧血培养（-），呼吸道病原抗体（-），EBV+CMV（-），MP-IgG(+），IgM(-)，GM试验（-），G试验（-）；

3. 痰及肺泡灌洗液：病毒全套（-），鼻病毒、偏肺病毒（-）MP+CP（-），TB（-），CMV（-），多次痰培养阴性，后培养出假单胞菌（2+）；

4. 胸片：床边胸片提示两肺弥漫团片影，考虑感染；

5. mNGS检查

2019-07-31，外周血、肺泡灌洗液行mNGS检测：外周血-耶氏肺孢子菌4775条序列数，肺泡灌洗液-耶氏肺孢子菌8029条序列数。

图 mNGS检测结果

临床治疗

入院后，病情告急，进行呼吸支持和抗感染治疗，经验性治疗：利奈唑胺、亚胺培南、卡泊芬净、预防性SMZ进行联合抗感染治疗。 2019-08-03 根据mNGS结果调整用药，将预防量SMZ改为治疗量SMZ。

1. 体温及治疗经过

2. 胸片变化

在8月3号胸片检测中，两肺弥漫团片影较之前相仿，右侧出现少量胸腔积液。

在8月6号胸片检测中，经过PCP治疗后，两肺透亮度较前略改善。

在8月9号胸片检测中，两肺弥漫团片影较前略吸收。

在8月13号胸片检测中，两肺弥漫团片影较前部分吸收。

3. HRCT

2019-08-16进行了CT检查：胸部CT平扫+CT成像，两侧胸廓对称，两侧肺门不大，两侧胸膜腔未见积液影。

4.转归

2019-08-13，患者拔管并撤呼吸机

2019-08-16，两侧胸膜腔积液消失，病情转好

2019-08-19，患者好转出院

总结

HIV感染者、造血干细胞和实体器官移植受者，由于免疫功能低下，极易受到耶氏肺孢子菌的感染，临床传统镜检染色灵敏度低，对于体内肺孢子菌的负荷量较少患者常会出现假阴性，宏基因组二代测序技术（mNGS）的应用，提高了临床对于耶氏肺孢子菌的诊断，mNGS技术可以帮助多样本识别多种病原体，尤其是对于临床常出现的混合感染的患者诊断是非常有意义的。

mNGS作为一种新的不依赖培养的方法，显示了快速、敏感和准确的病原体鉴定能力，这项技术为临床医生制定精准的治疗方案提供了强有力的支持。相信在不久的将来，mNGS将越来越广泛地应用于临床，使更多的医生和患者受益。迪飞医学迪感康️™采用自主研发HUGO去人源宿主核酸技术，实现病原微生物的富集，同时优化核酸提取技术，进一步提升病原微生物检测结果的敏感性和准确性。

参考文献

1. Stern A, Green H, Paul M, et al. Prophylaxis for Pneumocystis pneumonia (PCP) in non-HIV immunocompromised patients. Cochrane Database Syst Rev 2014.

2. Miao Q, et al. Microbiological Diagnostic Performance of Metagenomic Next-generation Sequencing When Applied to Clinical Practice. Clin Infect Dis. 2018 Nov 13;67: S231-S240.

3. Yi, Zhang, Jing-Wen, et al. A cluster of cases of pneumocystis pneumonia identified by shotgun metagenomics approach.[J]. The Journal of infection, 2018.

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